남기정은 현재 사단법인 외교광장의 부이사장을 맡고 있다. 2009년부터 서울대학교 일본연구소에서 교수로 재직해왔다.
서울대학교 외교학과에서 정치학 학사학위를, 국제정치학 석사학위를 받았고, 일본 도쿄대학 종합문화연구과에서 국제관계학 박사학위를 받았다.
한국정치학회와 국제정치학회 이사, 현대일본학회 회장,일본공간, 역사비평, 일본비평, SJJS(Seoul Journal of Japanese Studies) 편집위원 등을 역임했다. 또한 여러 저서들이 CAS(International Convention of Asia Scholars) Book Prize, Shortlist, Korean Language Edition, 대한민국학술원 우수도서,세종도서 학술부문 우수학술도서로 선정되었다.
남기정은 활발한 저술활동과 여러 방송 매체를 통해 한일관계 현안을 해설하고 있다. 그의 관심 및 연구 분야는 일본의 정치와 외교, 동아시아 국제관계, 한일관계 등이다.
주요 저서로는 『일본 정치의 구조 변동과 보수화 』(2017), 『기지국가의 탄생: 일본이 치른 한국전쟁』(2016), 『전후 일본 그리고 낯선 동아시아』(2011) 등이 있다. 주요 공저로는 『한반도 정전체제와 전후 일본』(2022), 『대전환시대의 한일관계: 역사화해, 외교안보, 경제통상, 사회문화』(2021), 『Japan Study as a Public Good in Asia』(2019) 등이 있다.
주요 논문으로 “샌프란시스코 평화조약과 한일관계: 한일냉전의 기원으로서 ‘제4조’ 문제,” “Is the postwar state melting down?: an East Asian perspective on post-Fukushima Japan," “코로나19가 한일관계 변화에 주는 함의: 국제정치에 미치는 문명사적 영향에 주목하여,” 등이 있다.